新疆农业大学亚心校区溯源于新疆农业大学2002年起举办的新疆农业大学科学技术学院西山校区。科技学院于2002年7月经自治区教育厅批准成立；2004年经教育部重新审批确认，成为全国首批124所（其中新疆2所）独立学院之一，是实施本科层次普通高等教育的独立学院。科技学院由新疆农业大学举办，院长由新疆农业大学校长兼任，利用非国家财政性经费办学，属于非营利性公益事业单位。2005年11月经自治区事业单位登记管理局审批，获得“二类事业单位独立法人”资格。2012年4月获批学士学位授权单位。

 按照新疆维吾尔自治区人民政府关于新疆农业大学科学技术学院迁址办学的文件要求，2017年10月新疆农业大学科学技术学院西山校区一期初步建成，科技学院2017级新生入住西山校区。科技学院西山校区总体规划面积1560亩，一期校园面积447.69亩，已建成建筑面积14.2万平米。2018年和2019年，科技学院2018级新生和2019级新生分别入住西山校区，2019年11月科技学院完成整体搬迁，将科技学院老满城校区交还举办高校新疆农业大学。

 2021年1月，根据教育部对独立学院转设工作相关要求，教育部回函新疆维吾尔自治区人民政府确认科技学院转设路径为：“新疆农业大学科学技术学院自2021年起停止招生，以终止办学、回归举办高校的方式实现转设。待全部在校学生毕业后，依法依规履行撤销建制程序”。2021年3月，新疆维吾尔自治区人民政府下发文件，正式确认新疆农业大学科学技术学院转设。